Phan Bội Châu chủ trương cầu viện Nhật để giúp đánh đuổi Pháp, bởi ông cho rằng người Nhật cùng là người châu Á "máu đỏ da vàng", có cùng kẻ thù chung với người châu Âu "da trắng tóc vàng". Nhưng thực tế, Đế quốc Nhật Bản là một nước đi theo "chủ nghĩa đế quốc quân phiệt", cũng tích cực bành trướng thuộc địa như thực dân châu Âu. Đến thời điểm đó, Nhật Bản đã xâm chiếm và đô hộ Triều Tiên, và chuẩn bị xâm chiếm Trung Quốc. Do vậy chủ trương của Phan Bội Châu là rất khó thành công, và dù có thành công thì Việt Nam sẽ lại phải đối diện với mối nguy mới từ Nhật Bản. Vì lẽ ấy, Nguyễn Ái Quốc dù khâm phục lòng yêu nước của Phan Bội Châu nhưng nhận xét đường lối của ông giống như "Đuổi hổ cửa trước, rước beo cửa sau"[23].

Đương thời, nhà chí sĩ Phan Châu Trinh đã viết về Phan Bội Châu như sau:

“	Phan Bội Châu nhận hẳn rằng người Pháp quyết không có thiệt lòng khai hóa cho người Nam, nên nói việc khai hóa, trước phải tìm cách đánh đổ chính phủ Pháp, mà muốn đánh đổ chính phủ Pháp, không nhờ cậy thế lực một nước mạnh ngoài, thì tự người Nam không làm gì được. Hiện nay nước mạnh duy có Nhật Bản là nước đồng văn đồng chủng nên cầu viện với Nhật Bản...Tôi bác cái thuyết trên của Sào Quân, lấy lẽ rằng, người nước Nam chui rúc dưới chính thể chuyên chế đã trên ngàn năm, chưa có tư cách quốc dân độc lập, dẫu có cậy sức nước ngoài, chỉ diễn cái trò "đổi chủ làm đầy tớ thứ hai", không có ích gì. Vả lại, nước Pháp là một nước làm tiền đạo văn minh cả hoàn cầu, nay hiện bảo hộ nước ta, mình nhân đó mà học theo, chuyên dụng tâm về mặt khai trí trị sinh các việc thực dụng. Dân trí đã mở, trình độ một ngày một cao tức là cái nền độc lập ngày sau ở đấy. Còn theo chính kiến "cậy sức nước ngoài" thì nó quanh co khúc chiết, mình không tự lập, ai là kẻ cứu mình, Triều Tiên, Đài Loan, cái gương rõ ràng, người Nhật chắc gì hơn người Pháp...Sào Quân không nghe, cũng không nhận là phải, phủi áo ra đi, làm theo ý kiến mình.	”
— Phan Châu Trinh, Cuộc nói chuyện với quan Thống soái Sài Gòn trên đảo Côn Lôn[24]

“	Phan Bội Châu là người rất có chí khí, có nghị lực, nhẫn nhục, dám làm; có điều tin vào thì không chịu bỏ, dẫu có sấm sét cũng không đổi. Nay sĩ phu khắp nước chưa ai có thể ví với ông ấy. Tiếc thay học thuật không rành, thời thế không rõ, thích dùng quyền thuật, tự dối mình dối người, ngoan cố không đổi. Lớn lời không ai bì, hãm quốc dân vào đất chết, cam chịu tiếng ác mà không tự biết. Tuy nhiên ông ấy vừa hiêu hiêu tự cho là người yêu quốc dân, từ nay về sau ông ấy càng hăng hái nói ra... Chủ nghĩa phục thù cực đoan mà Phan Bội Châu chủ trương thật là hết sức sai lầm, chỉ hãm quốc dân vào chỗ chết, không hợp thời thế, không sát với lý luận... Bởi vì ông ấy là người đại biểu cho thói quen trên lịch sử ngàn năm của dân tộc nước Nam. Không biết chân tướng của người nước Nam, xem ông ấy thì biết được. Dân nước Nam rất giàu tính bài ngoại, thì bài ngoại của ông ấy đến chỗ cực đoan. Người nước Nam rất thích dựa người ngoài, ông ấy lại ỷ ngoại đến chỗ cực đoan. Dân Nam rất thiếu tính tự lập, ông ấy lại càng hơn nữa. Tính chất, trình độ của ông ấy đều cùng hợp với tính chất, trình độ của quốc dân. Cho nên nhân chỗ hơn chỗ kém của quốc dân mà lợi dụng; đó là điều mà thầy thuốc gọi là thuật tắc nhân tắc dụng. Cho nên điều mà ông ấy lo, là quốc dân oán nước Pháp không sâu. Những sách ông ấy viết ra, không bàn thời thế, không nói lợi hại, dựa vào chỗ không mà biên soạn, tự dối mình, dối người. Nói tóm lại, đều là kêu gọi lòng thù ghét của quốc dân mà thôi. Đợi đến khi lòng thù ghét đã sâu, phản loạn nổi lên bốn phía, ông ấy mới nhân đó mà vào, để thỏa cái lòng phá hoại. Không phải là không biết cách mệnh không thể làm, nhưng lợi dụng cái ngu của dân - tức tính bài ngoại, không làm thì không chịu. Không phải là không biết Nhật Bản chẳng làm gì được, nhưng lợi dụng cái yếu của dân - tức tính ỷ ngoại, không làm thì không chịu. Mà quốc dân sở dĩ mù quáng nghe theo chạy theo, đến chết chưa tỉnh, ấy là vì tính chất gần nhau, cho nên thâm nhập khá sâu....Đó là ý kiến và thủ đoạn của Phan Bội Châu mà thôi. Cho nên người không biết ông ấy thì bảo đó là người hết sức ngu lầm, chứ không biết ông ấy lợi dụng cái ngu của quốc dân để khoe trí mình, lợi dụng chỗ kém của quốc dân để làm rõ cái hay của mình. Than ôi! Không biết cái ngu cái kém mà làm thì cũng có thể thứ cho. Biết cái ngu, cái kém, cái không địch lại mà cứ muốn lợi dụng để thực hành chí mình thì ta không biết ông ấy đã cư xử theo cách nào.	”
— Phan Châu Trinh, Pháp Việt liên hiệp hậu chi tân Việt Nam[25]

Lúc bấy giờ, Phan Bội Châu cũng đã được một luật sư người Pháp tên là Bona ca ngợi rằng:

Cụ Phan (Phan Bội Châu) là người quả không hổ là kẻ ái quốc, ái quân chân chính. Dầu tôi là người Pháp, đối với cụ Phan tôi cũng phải ngưỡng mộ. Tôi ngưỡng mộ là ngưỡng mộ cái thân thế quang minh, cái tinh thần cao thượng, cái nghị lực bất di, bất khuất đã chứng tỏ ra trong việc làm của cụ.[26]

Tôn Quang Phiệt nhận xét về chủ trương bạo động của Phan Bội Châu như sau[27]:

Phan Chu trinh hô hào: Không bạo động, bạo động là chết… Phan Chu Trinh đã muốn thực hiện chương trình khai dân trí, xướng dân quyền của dân mình; dân đã khôn ngoan tiến bộ về mọi mặt, đã biết dùng quyền của mình thì mới có thể độc lập được. Tuy nhiên, cứ lấy tư cách một người thân sĩ chân không mà hô hào cải lương thì làm sao mà được toàn dân hưởng ứng, toàn dân thực hiện được; mà toàn dân không hưởng ứng, không thực hiện, thì cải lương với ai?Cả hai phái bạo động và cải lương đều thất bại, vì lúc đó nước ta chưa đủ điều kiện chủ quan và khách quan để đuổi được ngoại xâm giành được độc lập. Tuy nhiên, cách mạng võ trang của Phan Bội Châu được người sau noi theo và đã thành công. Các nhà hoạt động cách mạng thường nói "thất bại là mẹ thành công", trường hợp này rất đúng. Còn chủ trương cải lương của Phan Chu Trinh thì bị thất bại và bị phá sản luôn, sau Phan Chu Trinh những nhà chân chính ái quốc của nước ta không ai đi theo con đường ấy nữa.

Gần đây, trong sách Đại cương cương lịch sử Việt Nam (xuất bản 2006) đã có đoạn viết:

Theo Phan Bội Châu, chỉ có con đường vũ trang bạo động[28]...Đây là con đường đúng đắn nhất. Tuy nhiên, ông thất bại là vì "không có lực lượng bên trong mà chỉ ỉ lại vào người ngoài thì thật là khó", "ỉ lại vào người thì không thể thành công được"(trích Niên biểu)...Những lời tự phê phán của ông thật sự nghiêm khắc mà cũng vô cùng chính xác!...Mặc dù không giành được thắng lợi, nhưng đường lối bạo động cách mạng đó đã phát động mạnh mẽ tinh thần yêu nước, giải phóng dân tộc của nhân dân Việt. Đó là cống hiến lớn lao của Phan Bội Châu và các tổ chức của ông...[29]Mộ Phan Bội Châu

Ngoài sự nghiệp cách mạng, ông còn viết rất nhiều sách báo, và đã được phổ biến sâu rộng trong nhân dân. Trong Từ điển văn học (bộ mới xuất bản 2004), sau khi giới thiệu về ông và sự nghiệp văn chương của ông, cũng đã kết luận rằng:

Trong lịch sử văn học Việt Nam không dễ gì có nhiều văn chương có sức lay động quần chúng đứng lên đấu tranh cách mạng lớn lao như văn chương của Phan Bội Châu. Ngày nay trong văn chương đó, về tư tưởng và quan niệm, có thể điểm này điểm khác không còn phù hợp, nhưng trái tim chan chứa nhiệt huyết của tác giả vẫn còn nguyên giá trị. Ông là một trong số những nhà văn lớn của văn học Việt Nam trong nửa đầu thế kỷ 20[30].